Μοριακή Προσομοίωση

Abstract

The molecular motion can be reproduced through integration of the equation of motion of the particles through the use of computers. In this chapter we present the calculation of properties based on the method of molecular dynamics. The procedure produces mean molecular properties correlation and transport properties. The results depend on the interaction potentials, as well as the accuracy and the speed of the calculation methods.

Η κίνηση των μορίων μπορεί να αναπαραχθεί μέσω επίλυσης των κινητικών εξισώσεων των σωματιδίων ενός συστήματος με τη χρήση ηλεκτρονικών υπολογιστών. Στο κεφάλαιο αυτό, παρουσιάζεται ο τρόπος υπολογισμού των μοριακών ιδιοτήτων μέσω της μεθόδου της μοριακής δυναμικής προσομοίωσης. Κατ’ αυτήν ολοκληρώνονται οι εξισώσεις του Νεύτωνα κάθε σωματιδίου στον χρόνο μέσω υπολογιστικών τεχνικών και παράγονται οι τροχιές για τον υπολογισμό των θερμοδυναμικών ιδιοτήτων, καθώς και της μέσης μοριακής δομής. Επίσης, υπολογίζονται δυναμικές ιδιότητες, που εξαρτώνται από τον χρόνο, όπως οι συναρτήσεις συσχέτισης ιδιοτήτων και οι συντελεστές μεταφοράς. Τα αποτελέσματα εξαρτώνται από την καταλληλότητα των διαμοριακών αλληλεπιδράσεων, αλλά και την ακρίβεια και ταχύτητα των υπολογιστικών μεθόδων.