Βιολογία Μεγάλων Δεδομένων

Abstract

Το συγκεκριμένο κεφάλαιο πραγματεύεται μερικές από τις νεότερες εξελίξεις στον τομέα της σύγχρονης μοριακής βιολογίας κάτω από το ενοποιητικό πρίσμα της ανάλυσης δεδομένων. Ολοένα και περισσότερες συμβατικές πειραματικές προσεγγίσεις αντικαθίστανται από μεθοδολογίες μεγάλης κλίμακας μέσω των τεχνικών αλληλούχισης νέας γενιάς. Η βιολογία έτσι περνά σταδιακά στην εποχή των μεγάλων δεδομένων (big data). Μετά από μια αρχική εισαγωγή στις τεχνικές αλληλούχισης και γονιδιωματικής μεγάλης κλίμακας καθώς και στα είδη των δεδομένων που αυτές παράγουν, θα επικεντρωθούμε στην περιγραφή των βασικότερων προβλημάτων της σύγχρονης γονιδιωματικής όπως η χαρτογράφηση μεγάλου αριθμού αλληλουχιών, ο προσδιορισμός σημείων πρόσδεσης πρωτεϊνών στο DNA και η διαμερισματοποίηση του γονιδιώματος σε διακριτές περιοχές με βάση συγκεκριμένες ιδιότητες.<br/><br/>Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:<br/>Να περιγράψετε το βασικό πρωτόκολο για τη διενέργεια ενός πειράματος αλληλούχισης νέας γενιάς.<br/>Να αναφέρετε τις σημαντικότερες μεθοδολογίες γονιδιωματικής ανάλυσης μεγάλης κλίμακας.<br/>Να απεικονίσετε δεδομένα γονιδιωματικών αναλύσεων σε γονιδιωματικούς φυλλομετρητές (Genome Browsers)<br/>Να αναπαραστήσετε μια αλληλουχία με μορφή δέντρου καταλήξεων και να χρησιμοποιήσετε αυτή τη δομή δεδομένων για την αναζήτηση υπο-αλληλουχιών.<br/>Να περιγράψετε τη δημιουργία δικτύων μεταγραφικής ρύθμισης με δεδομένα από μελέτες σε γονιδιωματική κλίμακα.