DSpace

Πληροφορίες Τίτλου
Τίτλος: Φυλογενετική Ανάλυση
Συγγραφείς:Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
Κριτικός Αναγνώστης: Μπάγκος, Παντελεήμων
Σχολές/Τμήματα: ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ, ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ
Θέμα: 
Λέξεις-κλειδιά: 
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ
ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ
ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ
Περιγραφή
Περίληψη: 
Στο κεφάλαιο αυτό θα επιστρέψουμε σε προβλήματα που αφορούν τη σύγκριση αλληλουχιών με το ενδιαφέρον να επικεντρώνεται τώρα όχι στο βαθμός ομοιότητας αλλά στο τι συμπεράσματα μπορούμε να εξάγουμε από αυτόν, καθώς και από άλλα μέτρα σύγκρισης αλληλουχιών. Σ' αυτά τα πλαίσια θα παρουσιαστούν οι βασικές αρχές της μοριακής εξέλιξης και της φυλογενετικής ανάλυσης. Με σημείο εκκίνησης τις αναλύσεις στοίχισης αλληλουχιών όπως περιγράφηκαν σε προηγούμενο κεφάλαιο θα συζητηθούν οι βασικές έννοιες της ομολογίας, τα μοντέλα νουκλεοτιδικών αντικαταστάσεων και η αναπαράσταση φυλογενετικών σχέσεων μέσω "δέντρων". Στο επίκεντρο του κεφαλαίου θα βρεθεί το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα της κατασκευής ενός φυλογενετικού δέντρου από μια πολλαπλή στοίχιση. Θα περιγραφεί αναλυτικά η θεωρία των νουκλεοτιδικών αντικαταστάσεων, με παραδείγματα για τα βασικά μοντέλα και στη συνέχεια θα δούμε τη θεωρία πίσω από τον υπολογισμό εξελικτικών αποστάσεων μέσω μοντέλων αντικατάστασης. Στο δεύτερο μέρος του Κεφαλαίου θα συζητηθούν συνοπτικά μέθοδοι για την κατασκευή και αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων. Μια αρχική εισαγωγή στη συνδυαστική θα αναδείξει την πολυπλοκότητα του προβλήματος μέσω της καταμέτρησης των πιθανών συνδυασμών ν αντικειμένων σε ένα δέντρο. Στη συνέχεια θα εξεταστούν με τη σειρά οι αλγόριθμοι πινάκων αποστάσεων όπως η UPGMA και η NJ και ελαχιστοποίησης κριτηρίων όπως οι μέθοδοι μέγιστης φειδωλότητας και πιθανοφάνειας. Τέλος, θα παρουσιαστεί η μέθοδος bootstrap για τη στατιστική ανάλυση των αποτελεσμάτων φυλογενετικής ανάλυσης.

Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:
Να κατανοήσετε έννοιες όπως “ρυθμός αντικατάστασης”, “μοριακό ρολόι” και πώς μπορούν να μας βοηθήσουν να εξάγουμε συμπεράσματα για την εξέλιξη αλληλουχιών στο χρόνο.
Να υπολογίσετε τον αριθμό των πιθανών δέντρων με τα οποία περιγράφουμε δεδομένο αριθμό ταξονομικών μονάδων.
Να αναγνωρίζετε δέντρα που είναι τοπολογικά ισοδύναμα.
Ημερομηνία Δημιουργίας: 2015
Πληροφορίες Τεκμηρίου
Είδος Τεκμηρίου: Κεφάλαιο Συγγράμματος
URI: http://hdl.handle.net/11419/1584
Βιβλιογραφική Αναφορά:Νικολάου, Χ., Χουβαρδάς, Π. 2015. Φυλογενετική Ανάλυση. [Κεφάλαιο Συγγράμματος]. Στο Νικολάου, Χ., Χουβαρδάς, Π. 2015. Υπολογιστική βιολογία. [ηλεκτρ. βιβλ.] Αθήνα:Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών. κεφ 7. Διαθέσιμο στο: http://hdl.handle.net/11419/1584
Γλώσσα: Ελληνικά
Αποτελεί μέρος του: Υπολογιστική βιολογία
Άδεια Χρήσης: Αναφορά - Μη Εμπορική Χρήση - Όχι Παράγωγα Έργα
Σχετικά Μαθήματα: 
1. Μ-Υπολογιστική Βιολογία [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ, ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ, ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ]
2. Αλγόριθμοι και Βιοπληροφορική [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ, ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ, ΤΜΗΜΑ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ]
3. ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ [ΕΘΝΙΚΟ & ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΚΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΑΘΗΝΩΝ, ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ, ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ]
4. ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Ι [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΣΤΕΡΕΑΣ ΕΛΛΑΔΑΣ, ΣΧΟΛΗ , ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΜΕ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ (Μεταφέρθηκε σε άλλο Ίδρυμα)]
5. ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΣΤΕΡΕΑΣ ΕΛΛΑΔΑΣ, ΣΧΟΛΗ , ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΜΕ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ (Μεταφέρθηκε σε άλλο Ίδρυμα)]
6. ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ [ΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ, ΣΧΟΛΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΥΓΕΙΑΣ, ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ]
Τύπος έκδοσης: Εκδόσεις Κάλλιπος
Εμφανίζεται στις συλλογές:Ιατρικές Επιστήμες και Επιστήμες της Ζωής

Αρχεία σε αυτό το τεκμήριο:

Μορφότυπο Μέγεθος Περιγραφή
Adobe PDF5,65 MB-KατεβάστεΔείτε

Όλα τα τεκμήρια του δικτυακού τόπου προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα

Όροι χρήσης HEAL-Link © 2015

HEAL-Link NTUA GRNET European Union EDULLL ESPA