Οι βασικές αρχές της ηλεκτρονικής διαβούλευσης είναι οι εξής:
1. Δημοκρατία. Η διαδικασία διαβούλευσης πρέπει να διασφαλίζει ότι παρουσιάζονται όλες οι απόψεις που εκφράστηκαν, χωρίς αποκλεισμούς (δημόσιος χαρακτήρας διαβούλευσης), σε όλα τα στάδια της διαβούλευσης. Η δημόσια Αρχή που εποπτεύει τη διαδικασία πρέπει να ενεργεί ως εγγυητής, έχοντας κατά νου να επιλύει ενδεχόμενες συγκρούσεις, να υπερασπίζεται και να εγγυάται την εφαρμογή των κανόνων δεοντολογίας στην έκφραση και την αντιπαράθεση απόψεων, και να εξασφαλίζει την ισότιμη συμμετοχή όλων όσοι δικαιούνται να παίρνουν μέρος σε αυτήν.
2. Διαφάνεια. Η διαδικασία διαβούλευσης πρέπει να προσφέρει στους συμμετέχοντες όλες τις πληροφορίες, όχι μόνο για τις δημοφιλείς απόψεις, αλλά και για τις λιγότερο δημοφιλείς, καθώς και τα συμπεράσματα που προκύπτουν. Η Αρχή που είναι υπεύθυνη για τη διεξαγωγή της διαβούλευσης πρέπει να εξασφαλίζει τη δημοσίευση και δημοσιοποίηση του θέματος της διαβούλευσης, να δίνει οδηγίες για τη διευκόλυνση των συμμετεχόντων, καθώς και πληροφορίες σχετικά με την ίδια τη διαδικασία. Τέλος, πρέπει να παρέχει τις απαραίτητες διευκρινίσεις και να ανακοινώνει τους κανόνες δεοντολογίας (μανιφέστο) για τη συμμετοχή.
3. Αντιπροσωπευτικότητα. Η εποπτεύουσα Αρχή πρέπει να εγγυάται ότι στη διαβούλευση θα συμμετέχουν όλοι όσοι δικαιούνται να συμμετέχουν (π.χ. στα τοπικά προβλήματα μιας πόλης πρέπει να συμμετέχουν όσοι κατοικούν σε αυτήν και, ενδεχομένως, όχι όσοι είναι δημότες ή ανήλικοι), καθορίζοντας με σαφήνεια τα δικαιώματα των διαφορετικών ομάδων (ατόμων, οργανώσεων, κοινοτήτων). Η δημιουργία παραπλανητικών ή κατευθυνόμενων απόψεων σε ευαίσθητα θέματα θα πρέπει να αποφεύγεται. Η πιστοποίησή της θα πρέπει να παρέχει τη σχετική αρχή με τη γνώση της ταυτότητας όλων των συμμετεχόντων. Είναι απαραίτητη προϋπόθεση συμμετοχής.
4. Διαχείριση της διαβούλευσης. Στη διαδικασία διαβούλευσης θα πρέπει να είναι σαφείς οι κανόνες διαλόγου (τι επιτρέπεται και τι όχι), ποιος έχει την ευθύνη για τη διασφάλιση των συμμετεχόντων, πώς μπορούν να αξιοποιηθούν οι απόψεις εμπειρογνωμόνων, ποια είναι η ακολουθούμενη διαδικασία και ποια τα προσδοκώμενα αποτελέσματα.