DSpace

Πληροφορίες Τίτλου
Τίτλος: Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες
Συγγραφείς:Νικολάου, Χριστόφορος
Χουβαρδάς, Παναγιώτης
Κριτικός Αναγνώστης: Μπάγκος, Παντελεήμων
Σχολές/Τμήματα: ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ, ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ
Θέμα: 
Λέξεις-κλειδιά: 
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ
ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ
ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ
Περιγραφή
Περίληψη: 
Στα προηγούμενα κεφάλαια συζητήσαμε προβλήματα που σχετίζονται με τη σύσταση και την πρωτοταγή οργάνωση βιολογικών αλληλουχιών. Αντιμετωπίσαμε τους συνδυασμούς καταλοίπων ως “λέξεις” σε βιολογικά κείμενα και εξετάσαμε τρόπους για την ανάλυσή τους και τη χρήση τους ως δεικτών προέλευσης και λειτουργικότητας σε γονιδιωματικό επίπεδο. Στο Κεφάλαιο αυτό θα επικεντρωθούμε στη μελέτη ακριβώς αυτών των λέξεων, που στη βιολογία ονομάζουμε “μοτίβα αλληλουχίας” από πλευράς λειτουργίας. Σημείο εκκίνησης του κεφαλαίου είναι η περιγραφή της λειτουργίας των σημείων πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων, μικρών αλληλουχιών που κωδικοποιούν πολύ συγκεκριμένα μηνύματα σε γονιδιωματικές αλληλουχίες και ο ορισμός της έννοιας του “μοτίβου”. Στη συνέχεια θα διατυπωθούν μια σειρά από προβλήματα που σχετίζονται με αυτές τις αλληλουχίες και αφορούν την περιγραφή τους, τον εντοπισμό τους μέσα σε μεγαλύτερες αλληλουχίες, και την εκτίμηση της σημασίας τους. Στο πρώτο μέρος του κεφαλαίου συζητιούνται τρόποι περιγραφής των μοτίβων, όπως είναι οι συναινετικές αλληλουχίες και οι πίνακες βαρών και αναλύεται το “εύκολο” πρόβλημα του εντοπισμού ενός γνωστού μοτίβου σε μεγαλύτερες αλληλουχίες. Στη συνέχεια, και στο επίπεδο των μαθηματικών θα γίνει μια εισαγωγή στη Θεωρία Πληροφορίας και θα δούμε πώς έννοιες όπως η Εντροπία Shannon και το Πληροφοριακό Περιεχόμενο μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να αξιολογήσουν τη σημασία ενός μοτίβου αλληλουχίας. Έχοντας καλύψει τα “εύκολα” προβλήματα θα περάσουμε στο “δύσκολο” πρόβλημα της de novo ανακάλυψης ενός άγνωστου μοτίβου και θα εξετάσουμε διαφορετικούς αλγορίθμους για την επίλυσή του, με έμφαση τυχαιοκρατικές προσεγγίσεις τύπου Monte Carlo όπως η δειγματοληψία Gibbs.

Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:
Να διακρίνετε μεταξύ συναινετικών αλληλουχιών και μοτίβων αλληλουχίας και να αναγνωρίζετε τις μεταξύ τους διαφορές.
Να δημιουργήσετε πίνακες μοτίβων αλληλουχιών από σύνολα ολιγονουκλεοτιδίων και να περιγράφετε μοτίβα αλληλουχιών μέσω αυτών.
Ημερομηνία Δημιουργίας: 2015
Πληροφορίες Τεκμηρίου
Είδος Τεκμηρίου: Κεφάλαιο Συγγράμματος
URI: http://hdl.handle.net/11419/1581
Βιβλιογραφική Αναφορά:Νικολάου, Χ., Χουβαρδάς, Π. 2015. Μοτίβα σε Βιολογικές Αλληλουχίες. [Κεφάλαιο Συγγράμματος]. Στο Νικολάου, Χ., Χουβαρδάς, Π. 2015. Υπολογιστική βιολογία. [ηλεκτρ. βιβλ.] Αθήνα:Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών. κεφ 4. Διαθέσιμο στο: http://hdl.handle.net/11419/1581
Γλώσσα: Ελληνικά
Αποτελεί μέρος του: Υπολογιστική βιολογία
Άδεια Χρήσης: Αναφορά - Μη Εμπορική Χρήση - Όχι Παράγωγα Έργα
Σχετικά Μαθήματα: 
1. Μ-Υπολογιστική Βιολογία [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ, ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ, ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ]
2. Αλγόριθμοι και Βιοπληροφορική [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ, ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ, ΤΜΗΜΑ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ]
3. ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ [ΕΘΝΙΚΟ & ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΚΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΑΘΗΝΩΝ, ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ, ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ]
4. ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Ι [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΣΤΕΡΕΑΣ ΕΛΛΑΔΑΣ, ΣΧΟΛΗ , ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΜΕ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ (Μεταφέρθηκε σε άλλο Ίδρυμα)]
5. ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ [ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΣΤΕΡΕΑΣ ΕΛΛΑΔΑΣ, ΣΧΟΛΗ , ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΜΕ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ (Μεταφέρθηκε σε άλλο Ίδρυμα)]
6. ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ [ΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ, ΣΧΟΛΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΥΓΕΙΑΣ, ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ]
Τύπος έκδοσης: Εκδόσεις Κάλλιπος
Εμφανίζεται στις συλλογές:Ιατρικές Επιστήμες και Επιστήμες της Ζωής

Αρχεία σε αυτό το τεκμήριο:

Μορφότυπο Μέγεθος Περιγραφή
Adobe PDF5 MB-KατεβάστεΔείτε

Όλα τα τεκμήρια του δικτυακού τόπου προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα

Όροι χρήσης HEAL-Link © 2015

HEAL-Link NTUA GRNET European Union EDULLL ESPA